アイヌと縄文人は直系か？ゲノム解析で迫る日本人ルーツの真相

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1991年に人類学者の埴原和郎氏が提唱した「二重構造モデル」は、日本列島の先住者である縄文人と、大陸から稲作をもたらした弥生人が混血し、その影響が少なかった北海道（アイヌ）と南西諸島（琉球）に縄文的な特徴が残ったと説明してきました。この理論は長らく日本人の起源論の標準とされてきましたが、近年の二重構造モデルと最新ゲノム解析の対照研究によって大幅な修正を迫られています。

2026年、金沢大学や理化学研究所などの国際共同研究チームが『Nature Communications』に発表した論文を皮切りに、「三重構造モデル最新説」が一躍脚光を浴びました。縄文人、弥生人に加え、古墳時代前後に大陸（東アジア地域）から渡来した第3の集団が本土日本人のゲノム形成に決定的な影響を与えたという学説です。

このモデルにおいて、弥生人と縄文人とアイヌの配置関係はより立体的に整理されます。北海道や沖縄の集団は、古墳時代以降の第3の遺伝的流入をほとんど受けることなく、列島古来の縄文的ゲノムを高い純度で保ち続けました。日本人のルーツと遺伝的特徴は、単一の均一な集団ではなく、列島の南北と中央で異なる歴史的グラデーションを描いています。